A Tudományos Tanács az Irányító Testület munkáját segítő, nemzetközileg elismert magyar állampolgársággal (is) rendelkező kutatókból álló tanács, 33 tagját az Irányító Testület javaslatára az ELKH elnöke kéri fel. A Tudományos Tanács ellátja a KFI tv. 42/E. § (1) bekezdésében meghatározott feladatokat:

• véleményezi az Irányító Testület számára készült, stratégiai jelentőségű előterjesztéseket,
• stratégiai javaslatokat készít és éves értékelést végez,
• dönt az Irányító Testület által ráruházott hatáskörökben, és
• ellátja a szervezeti és működési szabályzatban foglalt egyéb feladatokat.
  • A Tudományos Tanácson belül élő természettudományokkal, élettelen természettudományokkal, valamint bölcsészet- és társadalomtudományokkal foglalkozó szakmai kollégiumok működnek.
  • A Tudományos Tanács működésének részletes szabályait ügyrendjében határozza meg, amelyet az Irányító Testület hagy jóvá.