Az Eötvös Loránd Kutatási Hálózathoz a kutatóközpontokon és kutatóintézeteken felül jelenleg több mint száz, egyetemeken, illetve egyéb közintézményekben működő önálló kutatócsoport tartozik. E csoportok Támogatott Kutatócsoport formájában nyerhetnek el támogatást a kutatásaikra. Vezetőik egyetemi, illetve közintézményi dolgozók, tagjaik pedig az ELKH alkalmazásában álló kutatók. A csoportok működését adminisztrációs szempontból a Támogatott Kutatócsoportok Irodája (TKI) látja el.

Az TKI-hoz tartozó kutatócsoportok a matematika és természettudományok, az élettudományok, illetve a bölcsészet- és társadalomtudományok változatos területein végzik kutatásaikat. Szerves kapcsolatot jelentenek az ELKH és a hazai nagy kutatóegyetemek között, megteremtve ezzel a magasabb szintű, kiválósági együttműködések alapjait.

Egyes kutatások például a biodiverzitás megóvásával, a fehérje- és peptidrendszerek atomi szintű vizsgálatával, vagy az egészségünkhöz köthető fejlesztésekkel, mások a Balaton vízgazdálkodási kérdéseivel, az exobolygók részletes megismerésével, vagy új kompozitanyagok, valamint arany nanoklaszterek fejlesztésével foglalkoznak. Számos csoport végez a magyar történelem és nyelv területén nélkülözhetetlen kutatásokat, ezek közül az elméleti nyelvészet kérdéseit, vagy az értékes tudományos eredménynek tekinthető Anjou-kori, illetve Zsigmondkori Oklevéltár kötetek publikálását érdemes kiemelni. Ezenfelül a támogatott kutatócsoportok további népszerű és fontos társadalomtudományi kérdéseket vizsgálnak: példaként említhetjük a 11. század nyelvemlékeinek a feltárását, vagy a magyar fiatalok egészségkárosító magatartásaival kapcsolatos kutatásokat.