Az Eötvös Loránd Kutatási Hálózathoz a kutatóközpontokon és kutatóintézeteken felül 150-nél is több, egyetemeken, illetve egyéb közintézményekben működő önálló kutatócsoport tartozik. E csoportok Támogatott Kutatócsoport, illetve Lendület pályázatok formájában nyerhetnek el támogatást a kutatásaikra. Vezetőik egyetemi, illetve közintézményi dolgozók, tagjaik pedig az ELKH alkalmazásában álló kutatók. A csoportok működését adminisztrációs szempontból a Támogatott Kutatócsoportok Irodája (TKI) látja el.

Az TKI-hoz tartozó kutatócsoportok a matematikai és természettudományok, az élettudományok, illetve a bölcsészet- és társadalomtudományok változatos területein végzik kutatásaikat. Szerves kapcsolatot jelentenek az ELKH és a hazai nagy kutatóegyetemek között, megteremtve ezzel a magasabb szintű, kiválósági együttműködések alapjait.

A csoportokban folyó kutatások nagymértékben hozzájárulnak a hazai tudományos eredmények megszületéséhez, gyakorlati jelentőségük miatt pedig a társadalom javára is felhasználhatók. Egyes élettudományi csoportok kutatásai hozzájárulnak például a biodiverzitás megóvásához, a tájléptékű rekonstrukciós programok kidolgozásához vagy az egészségünkhöz köthető fejlesztésekhez. Természettudományi területen a sikeres alapkutatási tevekénység mellett szintén számos gyakorlati kérdés megoldásában segítenek az itt folyó kutatások, köztük az önvezető járművek oldalirányú szabályozásának stabilitásában, a Balaton vízgazdálkodási kérdéseiben, vagy épp új kompozitanyagok létrehozásában.

Számos csoport végez a magyar történelem és nyelv területén nélkülözhetetlen kutatásokat. Itt a nyelvtechnológia kérdéseit, vagy az értékes tudományos eredménynek tekinthető Anjou-kori, illetve Zsigmondkori Oklevéltárak publikálását érdemes kiemelni. Ezen felül további népszerű és fontos társadalomtudományi kérdéseket vizsgálnak: példaként említhetjük az egészségkárosító magatartások társadalmi és generációs különbségeit.