Az Eötvös Loránd Kutatási Hálózat (ELKH) küldetésének teljesítése és céljainak megvalósítása érdekében öt kiemelt, stratégiai léptékű tématerületet azonosított. Ezek lefedik a kutatóhelyek főbb kutatási irányait, és összhangban vannak az Európai Unió Európai Horizont kutatási és innovációs keretprogramjának kiemelt területeivel:
Az ELKH élettelen természettudományi kutatásainak céljai között szerepel a magas szintű felfedező és célorientált alapkutatások támogatása, a nemzetközi beágyazottság, valamint az ország szempontjából lényeges területek kutatási és K+F pozíciójának erősítése, illetve az invenciófókuszú és innovációs tevékenységek elősegítése. A kutatóhálózat kutatási eredményei hagyományosan erősek a matematika és alkalmazásai (számítástudomány, informatika), az automatizálás, a fizika-kémia tudományok és alkalmazásaik (anyagtudomány, földtudomány, nukleáris energetika) területén.
Az ELKH intézethálózata arra törekszik, hogy a társadalmi, környezeti kihívásokra tudományosan megalapozott, a társadalom és a gazdaság számára is hasznosítható eredményeket mutasson fel. Élettudományi stratégiánk összhangban áll intézeteink erősségeivel, az Európai Bizottság prioritásaival, és figyelembe veszi annak 2020. évi munkatervét, különösen az európai zöld megállapodásban (European Green Deal) foglalt feladatokat. Emellett külön figyelmet fordít arra, hogy a magyar társadalom és gazdaság speciális igényeit a tudomány oldaláról támogassa.
Az ELKH intézethálózatában az élettudományok területén jelentős, az egyetemi kapacitásokkal összemérhető és azt kiegészítő tudás- és eszközállomány koncentrálódik. Az ELKH célja, hogy ezt a kapacitást a magyar egészség és gyógyszeripar, valamint a felsőfokú szakemberképzés szolgálatába állítsa, továbbá az alapkutatások elsődlegessége mellett megkönnyítse és segítse a hazai és nemzetközi tudományos eredmények gazdasági hasznosítását.
Az előttünk álló évek nagy kérdése, hogy Magyarország fel tud-e zárkózni a világgazdaság vezető országaihoz, melyre csak innovatív, magas tudástartalmú termékeket és szolgáltatásokat előállító gazdasági rendszerek, valamint szolidáris, a jövedelmi és esélykülönbségeket mérsékelni, a társadalmi kohéziót növelni tudó társadalmak képesek. Az ELKH intézeteinek feladata a gazdasági és társadalmi folyamatok belső összefüggéseinek feltárása, és az azokra épített sikeres és adaptálható szakpolitikai javaslatok megfogalmazása, illetve a szakpolitikai döntések hatásainak értékelése.
A humán kutatások révén a kutatók amellett, hogy az egyéni érdeklődésükből fakadó ismereteket saját maguk számára megszerzik, közcélokat is szolgálnak, amelyek között szerepel az állampolgárok önismeretének, tudatosságának fejlesztése, az általános műveltségi szint növelése.