A Jogi és Igazgatási Főosztályon belül két osztály, a Jogi és az Igazgatási Osztály működik.
A Jogi Osztály feladatai közé tartozik a HUN-REN Központ belső szabályzatainak, az Irányító Testület és az elnök határozatainak előkészítése, a kormányelőterjesztések koordinálása, a jogi képviseleti tevékenység ellátása, a kutatóhelyek alapító okiratainak módosításával kapcsolatos feladatok ellátása, a szerződések, együttműködési megállapodások jogi szempontú véleményezése, kérelemre jogi állásfoglalások kiadása, valamint az adatvédelemmel és a közérdekű vagy közérdekből nyilvános adatok nyilvánosságával kapcsolatos feladatok ellátása.
Az Igazgatási Osztály kézbesítési, központi irattárazási és egyéb ügyviteli jellegű feladatai mellett támogatja a dokumentumkezeléssel kapcsolatos szervezeti feladatokat. Ellátja a HUN-REN Központ foglalkoztatottjainak munkajogviszonyához kapcsolódó személyügyi teendőket, továbbá a kutatóhelyek vezetői és gazdasági vezetői tekintetében a HUN-REN elnökének munkáltatói jogköréhez kapcsolódó munkaügyi feladatokat.