A Titkárság fő döntéshozó szerve a 13 főből álló Irányító Testület, aminek tagjait a miniszterelnök nevezi ki. A testület feladata az ELKH stratégiai elveinek lefektetése, a kutatások irányainak és céljainak kijelölése, felügyelete, a támogatások szétosztása.
Az Irányító Testület döntés-előkészítő, konzultatív testülete az Elnökség. Az Elnökséget az Irányító Testület elnöke és alelnökei alkotják. Az Irányító Testület elnöke egyben az Elnökség elnöke is. Az Elnökség feladat- és hatáskörében:
- ellátja az Irányító Testület üléseinek előkészítésével, feladatainak ütemezésével, javaslatainak megfogalmazásával és döntéseinek előkészítésével kapcsolatos feladatokat,
- javaslatot tesz az Irányító Testület üléseinek napirendi pontjaira, idejére,
- megvitatja az Irányító Testület ülései között felmerülő, véleménynyilvánítást igénylő kérdéseket.